should have＋過去分詞は、「果たされなかった義務に対して、べきであったのに（しなかった）」という意味ともう１つ、当然しているはずだ という見込みの意味があります。映画でどういう場面で使われているか見てみましょう。
“No, you are right, That package should have arrived by now.”
「いや、そうなんですけどね。そのパッケージは今頃には着いているはずです。」
No, you are right. の使い方に注意
You are right.「その通りだ。」
これは相手の言ったことを肯定する場合に用いられる表現です。
でも、映画では No, you are right. と no が付いています。
ちなみに映画では、このセリフの字幕はありません。
この後には That package should have arrived by now.「そのパッケージは今頃には着いているはずです。」と続きます。
No, you are right. について Urban dictionary にはこう書いてあります。
Urban dictionary
when you are in an argument with someone and both of you believe you are correct. So to try and end it you say “no you’re right.” with little emotion and a bit of sarcasm. it might seem like your giving in but your really just saying “you’re stupid, shut up I’m right.”
つまり、あなたも相手も自分の発言が正しいと思っている時に、No, you are right.〈ちょっと待って、自分が正しいよ〉ってニュアンスを冷静に伝える言い方だそうです。
この映画での場面を考えると「いや、でもね、着いてるはずなんだけどおかしいですねぇ。」とお客さんのクレームを No と否定し、それを和らげるために you are right を使っています。
助動詞＋have+過去分詞
そのあとのセリフ
That package should have arrived by now. の意味はどうなるでしょう。
この should＋have＋過去分詞 には、２通りの使い方があります。
1つ目。
果たされなかった義務に対して、すべきであったのに（しなかった）、すればよかったのに（しなかった）と後悔を表すします。
・もっと一生懸命英語を勉強すべきだった。（してないという後悔）
I should have studied English harder.
・もう少し注意すべきだったのに。
I should have been more careful.
・彼に謝るべきだったのに。
I should have apologized to him.
・酔い止め薬(吐き止めの薬）を飲んでおくべきだった。
I should have taken anti-nausea medicine.
２つ目は、発話時において 当然しているはずだ という見込みを表します。
・電車はもう着いているはずなんですが。
The train should have arrived by now.
・私が投函した手紙は今頃あなたのところに届いているはずです。
The letter I mailed should have reached you by this time.
・彼は正午までにその仕事を終えているはずです。
He should have finished by noon.
映画では、後者の「当然着いているはずだ」の意味で使われています。
That package should have arrived by now.
by now（今頃はもう）の部分が by 9:00 a.m. Friday などの時間指定の表現であれば、このセリフは「過去の事実に反すること」を表しているとも取れますが、ここでは by now を使っているので「当然着いているはずだ」を表すと分かります。
発音してみよう
「見える化」で構造を理解しよう
